故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天，因意外一名外星人从宇宙坠落。失去过往记忆的外星人“奥美迦”化身为地球人模样，被人称为“宙人”。他对人类充满好奇，积极地接触这些陌生的生命体。当神秘巨型生物接连出现时，尘封的记忆碎片被唤醒，宙人脱口而出“怪兽”二字。面对怪兽的威胁，强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼，与怪兽作战。随着故事推进，来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。
天下三万州，共尊朝歌，但是诸侯林立，宗派遍地，各有心思。临安城秦家女婿许无舟意外得到宝器“轮回碗”，不断吞噬金属，壮大自身，并隐藏暗处帮助秦家度过危机，挽回自己在秦家的坏印象。不想，稷下学宫强行收许无舟的妻子为徒，许无舟为了接回妻子，毅然加入已经落魄的道宗。只是，此时的道宗虽然名义上为天下道门领袖，但天下道门已经不再尊崇其为天下共主。许无舟莫名其妙地担起重振道宗的重任……
